В этот родился основатель клиники и основоположник российской педиатрии Нил Федорович Филатов (1847 г.) Первая в Москве и вторая в России детская больница была создана по его инициативе и при поддержке столичного генерал-губернатора Дмитрия Владимировича Голицына.
Первоначально больница размещалась на Малой Бронной и могла разместить сразу 100 больных детей. С 1846 года на базе детской больницы проходят практическое обучение студенты–медики Московского университета. Вплоть до 1876 года "Бронная" оставалась единственной детской лечебницей в Москве. В 1883 году от пожара пострадала часть зданий. Больницу закрыли, осталось только амбулаторное отделение. В 1885 году князь Александр Алексеевич Щербатов спас больницу от полной ликвидации своей просьбой принять в дар городу владение по Садовой-Кудринской.
12 ноября 1887 года больница приняла пациентов на новой территории. Рассчитана она была также на 100 кроватей, но оборудована в соответствии с современными требованиями. В 1922 году больнице присвоено имя первого русского педиатра, профессора Нила Федоровича Филатова. Среди населения столицы и далеко за её пределами больницу стали называть Филатовской.
Сегодня детская больница№ 13 им.Н.Ф.Филатова - современное клиническое объединение, включающее в себя территориальное амбулаторное подразделение (поликлинику) с обслуживанием прикрепленного населения, детский травмпункт, амбулаторную консультативно-диагностическую службу с полным комплексом диагностического оборудования, предусматривающего возможность всестороннего обследования и консультирования детей высококвалифицированными специалистами по всем профилям педиатрии и детской хирургии.
Многопрофильный стационар представлен отделениями, среди которых есть уникальные - это отделение детской кардиохирургии, ангиографии и рентгенхирургии, хирургии новорожденных, токсикологии, пластической и реконструктивной микрохирургии.
Хирургический блок стационара является крупнейшим в Москве. Многолетнее сотрудничество с кафедрой детской хирургии РНИМУ им. Н.И. Пирогова определило лидирующие позиции специализированной и высокотехнологической хирургической помощи, выполняемой в ДГКБ №13 им. Н.Ф.Филатова не только в Москве, но и в России. Ряд операцией в области торакальной хирургии, хирургии новорожденных выполняются только в Филатовской больнице.
Отделения реанимации новорожденных и патологии новорожденных оказывают медицинскую помощь детям с проблемами в периоде беременности и родов, незрелостью, критический малой массой тела.
В наши дни на базе больницы работают кафедры госпитальной педиатрии, детской хирургии, неонатологии, патологической анатомии для студентов Российского национального исследовательского медицинского университета им. Н.И.Пирогова, кафедра лучевой диагностики и отоларингологии РМАПО.